念珠最初是由古印度人以璎珞宝珠作为项链等装饰品逐渐演变而来的,古印度的婆罗门教在佛教之前就开始使用念珠,印度出土的公元2世纪以前的婆罗I门像中已有项悬念珠的了。在佛教之前,印度的事火外道的本尊就已手持念珠,佛教徒大约在公元2世纪中叶后开始使用念珠。


佛教早期比丘使用串珠用以记数、摄心。当时串珠为三十粒,黑白相间,用以记日。佛教经典记载念珠起源于《木穗子经》,此经云:常持数珠,无论行住坐卧,一心念佛法僧名,满二十万通升天,满百万通超生死。中《金刚顶瑜伽念珠经》《佛说校量数珠功德经》等经典对念珠的使用都唐代释道宣撰《续高僧传》载:“人各掐珠,口同佛号。